Hallo piepser,
Willkommen im Forum! Ich habe das Thema mal verschoben in den Bereich PHP, wo es eher reinpasst als in CSS

Was du brauchst ist PHP, dann hast du mehrere Möglichkeiten:
du schützt deine Verzeichnisse mit .htaccess und machst in jedes eine Datei zum Upload rein. Das halte ich aber für umständlich, da du so immer eine neue .htaccess erstellen musst.
Für sinnvoller halte ich ein Einlogg-System, wo jeder User dann seine Dateien hochladen kann - dadurch dass du übergibst, welcher User eingeloggt ist kannst du dann das Verzeichnis bestimmen.
Falls du keine Ahnung von PHP hast empfehle ich dir allerdings, vorne anzufangen und dich zu diesen Themen vorzuarbeiten - sonst hast du nicht viel Spaß

Grüße,
Laura