Du kannst zu deiner Tabellen mit den Usern eine Spalte namens "active" (oder so) und ein Feld für deinen Token/Hash hinzufügen.
Du gehst dann also bei jeder Registrierung hin, erstellst den Token/Hash, baust den in deinen Link in der E-Mail ein und speicherst ihn in deiner DB.
Bei Klick auf den Link wird der User zu einer Seite von dir weitergeleitet, die bei Richtigkeit des Tokens/Hashes dein active in der DB auf 1 setzt. Somit ist der User erfolgreich registriert. Bei dem Login wird dann eben auch noch abgefragt, ob der Account aktiv ist, sprich ob active = 1.