WHERE (tabelle1.autor = tabelle2.user AND `tabelle1.id`= ?) schreibe, kommt ein ähnlicher Fehler:
// Fatal error: Uncaught PDOException: SQLSTATE[42S22]: Column not found: 1054 Unknown column 'tabelle1.id' in 'where clause' in G:\xampp\
Lass die Backticks weg, die sind meistens überflüssig - und wenn du sie verwendest, dann darfst du sie nur um Tabellen- und Spaltennamen setzen, aber nicht um beides zusammen.
Deine ganze Konstruktion ist aber ohnehin nur mäßig sinnvoll: Datenbankabfragen sollten nie in Schleifen gemacht werden. Wie die Tabellen aussehen und welche Daten du genau brauchst geht aus deinem Posting nicht so ganz hervor, aber vom Prinzip her kannst du die Daten die du mit de zweiten Abfrage holst nach diesem Prinzip mit einer Abfrage holen:
SELECT spalten FROM tabelle WHERE id IN (SELECT id FROM tabelle WHERE <BedingungZumHolenDerIds>)
So bekommst du alle Daten ohne mehrere Abfragen ausführen zu müssen - das gleiche Prinzip funktioniert auch für UPDATE-Querys.
Außerdem: den Javascript-Code solltest du nicht von Hand zusammenbauen (zumal bei dir die Behandlung des Kontextwechsels fehlt!), besser wäre es alle Daten als PHP-Array zu sammeln und dann per json_encode() einen JSON-String daraus zu machen welcher dann in den HTML-Code geschrieben wird. In Javascript hilft dann ein JSON.parse() um mit Javascript auf die Daten zuzugreifen - Zeichen die dir den JS-Code kaputt machen würden, werden dabei gleich entschärft und stellen kein Problem mehr dar.