Das liegt daran, dass Bei dem ersten Link ein Link dahinter steckt 
Klingt komisch ...
mit href="#" (heißt glaub ich Sprungmarker? keine Ahnung ...) bleibt der Browser ja auf der Seite - die Seite wird nicht neu geladen.
Bei einem "echten" Link lädt der Browser die neue Seite.
Du müsstest die Animation also auch beim Laden, oder besser gesagt NACH dem Laden der Seite anstoßen (onload).
Ja genau die Animation sollte auch Angezeigt weden wenn ich Seite wechsle (zb. seite2.html/php) die Frage ist jetzt wie kann ich das machen oder gibt es sonst wo ein Tutorial, ich habe ev. Falsch gesucht oder es gibt keine Tutorials 
Ich hoffe Du weißt was das Script macht. Sonst macht es keinen Sinn es zu erklären =)
Im JS wird onclick flipCard(n) ausgeführt.
Das heißt: wenn Du auf eine neue Seite verweist (Browser lädt), dann führst Du die Funktion per onload aus und übergibst das erste Menü (wahrscheinlich 1).
probier mal:
$(document).ready(function(){
// Add the appropriate content to the initial "front side"
var frontFace = $('.face1');
var frontContent = $('.store li:first-child').html();
frontFace.html(frontContent);
flipCard(1); // <- das hier ist neu
});Ja, denn da ist noch eine Bedingung:
hm wieso das 
if (topCard === n) return;
Das hier könnte funktionieren.
(Kennst Du Dich denn mit Javascript aus?)
var topCard = 1;
var facingUp = true;
function flipCard(n, force=false) { // <- new: , force=false
if (force || topCard === n) return; // <- new: force ||
// Replace the contents of the current back-face with the contents
// of the element that should rotate into view.
var curBackFace = $('.' + (facingUp ? 'face2' : 'face1'));
var nextContent = $('.store' + n).html();
var nextContent = $('.store li:nth-child(' + n + ')').html();
curBackFace.html(nextContent);
// Rotate the content
$('.card').toggleClass('flipped');
topCard = n;
facingUp = !facingUp;
}
$('#flip1').on('click', function(){ flipCard(1); });
$('#flip2').on('click', function(){ flipCard(2); });
$('#flip3').on('click', function(){ flipCard(3); });
$('#flip4').on('click', function(){ flipCard(4); });
$('#flip5').on('click', function(){ flipCard(6); });
$(document).ready(function(){
// Add the appropriate content to the initial "front side"
var frontFace = $('.face1');
var frontContent = $('.store li:first-child').html();
frontFace.html(frontContent);
flipCard(1, true); // <- new: , true
});Das funktioniert auch nicht 
Nein, mit JS kenne ich mich noch nicht so gut wie mit PHP aus, nur blöd hier brauche ich nicht PHP.
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