Damit dies funktioniert:
setTimeout(function(zwzw) {return function() {bringColorNeu(zwzw);}}(zw), 1000 * (i + 1));
setTimeout(function(zwzw) {return function() {bringColorAlt(zwzw);}}(zw), 1000 * (i + 1));
musst Du die Zeiten staffeln, denn der zweite Timeout wird ja zur selben Zeit wie der erste gestartet und nicht erst nach Ablauf des ersten. So sollte es funktionieren:
setTimeout(function(zwzw) {return function() {bringColorNeu(zwzw);}}(zw), 1000 * (i + 1));
setTimeout(function(zwzw) {return function() {bringColorAlt(zwzw);}}(zw), 1000 * (i + 1) + 1000);
Zum Blinken schreibe ich später. Du kannst dich schon mal über CSS-Animationen informieren.