Der Grund ist, dass ich das Overlay absolut positioniert habe mit top:0 an der oberen Kante. Generell ist zwar zu empfehlen. auf abs. Pos. zu verzichten, aber wenn man Elemente überdecken will wie bei einem Overlay ist es doch angebracht.
Man kann aber auch die Reihenfolge der Elemente bei Flexbox ändern durch das Attribut "order".