Ich Rate mal das die probleme von deiner include Suppe kommt.
Schwachsinn! Hast du eigentlich gelesen (und verstanden) was ich oben geschrieben habe? Einfach mal die Seite mit deaktiviertem Javascript oder Cookies aufrufen (ggf. Cookies vorher löschen), du wirst eine einzeilige Meldung bekommen das Javascript nicht aktiviert sei bzw. zu Google-Seite wie man Cookies aktiviert, weitergeleitet werden.
Die include-Orgie mag ungewöhnlich sein, das Problem ist die aber nicht - das hast du ja bewiesen da es bei dir funktioniert.
Das Problem liegt irgendwo in den Servereinstellungen, da muss der OP aber schon selbst nachschauen bzw. seinen Provider fragen. Suchorte für die Einstellungen sind .htaccess-Dateien, PHP-Einstellungen[1] (auto_prepend_file fällt mir da ein) aber auch die Apache-Konfiguration selbst auf die man aber idR keinen Zugriff hat.
[1] es wäre interessant was passiert wenn man eine reine HTML-Seite verwendet - wird dann auch das Javascript ausgeliefert oder gleich der richtige Code?